Cũng như các chúa Trịnh, các chúa Nguyễn cũng là những người sùng đạo Phật. Ngay trong quá trình dựng nghiệp, các chúa Nguyễn đã xây cất nhiều chùa. Ngay khi trấn thủ Thuận Hóa, Nguyễn Hoàng đã xây chùa Thiên Mụ năm 1601 và chùa Sùng Hóa năm 1602, các đời chúa sau tiếp tục tu bổ và làm thêm chuông.

Sở dĩ các chúa Nguyễn có chính sách bảo trợ đạo Phật và xem xem Phật giáo như một hệ tư tưởng quy tụ sự ủng hộ về mặt tinh thần và đạo đức bởi đạo Phật là tôn giáo đậm chất an ủi, phủ dụ, là nơi bám víu, che chở cho tâm hồn Việt tha hương xa xứ, di cư trên vùng đất đầy lạ lẫm không chỉ bởi sự thách thức của môi trường sinh tồn mà còn là bản lĩnh để tiếp cận với những sắc thái văn hoá của các cộng đồng người bản địa[3]. Điều đó có ý nghĩa rất thiết thực với các chúa Nguyễn trong hoàn cảnh phải tập hợp những người di cư từ phía Bắc vào Thuận – Quảng để chống lại chúa Trịnh hùng mạnh hơn nhiều ở Đàng Ngoài.

Giai thoại kể rằng Nguyễn Hoàng vốn không ưa đạo Phật vì khi còn ở Thanh Hóa, trong một lần giả ốm mệt dạo chơi, Nguyễn Hoàng bị một nhà sư làm nhục[4]. Nhưng khi trấn thủ Thuận – Quảng, Nguyễn Hoàng ý thức được vai trò của đạo Phật trong việc quy tụ nhân tâm ở vùng đất mới mở và ông đã thay đổi tư tưởng. Điều đó được các đời chúa Nguyễn sau kế tục.

Số lượng chùa mới ở Đàng Trong thậm chí nhiều hơn ở Đàng Ngoài cùng thời. Số thống kê cho thấy: trong số 73 chùa xây cất từ thế kỷ 15 đến thế kỷ 18 tại Đại Việt thì ở Đàng Trong là 48 ngôi[5].

Những ngôi chùa được xây cất hoặc tu bổ thời kỳ này tiêu biểu là[6]:

• Chùa Sùng Hóa ở xã Triêm Âm, huyện Hòa Vang xây năm 1602;
• Chùa Hóa Vinh ở gần cửa Tư Dung xây dựng năm 1667;
• Chùa Túy Vân ở xã Vĩnh Hiền, huyện Phúc Lộc - Thừa Thiên Huế xây dựng cuối thế kỷ 17 thời Nguyễn Phúc Chu;
• Chùa Báo Quốc tại Thừa Thiên Huế xây dựng cuối thế kỷ 17 thời Nguyễn Phúc Chu;
• Chùa Từ Đàm Quốc tại Thừa Thiên Huế xây dựng năm 1695;
• Chùa Hoàng Giác ở xã Hiền Sĩ, huyện Phong Điền, Thừa Thiên Huế xây dựng năm 1721

Hệ thống chùa chiền ngày càng thêm dày đặc, phong phú. Năm 1750, Pierre Poivre ghi nhận rằng chỉ riêng tại Huế và vùng phụ cận đã có gần 400 ngôi chùa miếu thờ Phật. Do vậy, đội ngũ tăng ni trở nên đông đảo đến mức có lúc sư sãi chiếm hơn một nửa người đi đường[3].